MBR系统使用膜分离代替DAF或澄清器来从废水中去除生物固体。随着膜技术的改进，MBR系统变得越来越普遍，与较大的足迹活性污泥系统相比，整体成本较低。与延长曝气活性污泥装置相比，MBR系统通常具有以下差异：
1) 更高的MLSS / MLVSS
2) 较小的曝气池和整体足迹
3) 更好地控制F / M和MCRT
4) 污水中的固体问题较少
膜中的孔允许水通过而保留固体。随着毛孔被固体（包括生物和颗粒）堵塞，系统进入反冲洗循环以清除毛孔并恢复膜功能。问题是反洗不完美，随着积聚的固体，超时毛孔会变质。即使使用含有氧化剂，酸类或酶的清洁技术，毛孔也会最终堵塞。
生物废物处理单元中堵塞孔隙的主要原因是高分子量和“粘性”生物聚合物的积累。在MBR系统中发现的低F/M条件下茁壮成长的生物也倾向于排泄大量的细胞外聚合物（EPS）。虽然一些EPS是好的并且改善了分离潜力，但错误的EPS和过多的EPS都会在膜孔中产生致盲条件。
监测生物处理单元中EPS的最简单方法是至少每天运行SV30，SVI和显微镜检查。使用分子检测进行额外监测同样重要 - 包括针对特定问题的微生物群落分析（MCA）和qPCR，或者为EPS致盲潜力提供早期预警的良好生物。当你有问题的EPS累积时，不要只是假设它无法纠正。存在多种控制方法，在膜问题开始影响单元性能之前，最好解决EPS问题。
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